Authority Service OpenRefine Documentation
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Conditions préalables
Choisir un service
Il existe deux versions du Service d'Autorité :
https://authority.lincsproject.ca/reconcile
Renvoie uniquement les candidats entités du Knowledge Graph (KG) du LINCS qui utilisent le namespace du LINCS (c'est-à-dire les entités dont les Uniform Resource Identifiers (URIs) commencent par http://id.lincsproject.ca/). Il s'agit d'URIs que LINCS a minted, généralement parce que nous n'avons pas été en mesure de les trouver dans d'autres sources Linked Open Data (LOD) communes.
https://authority.lincsproject.ca/reconcile/any
Renvoie toutes les entités du LINCS KG.
Si vous envisagez de publier vos données avec LINCS, vous voudrez probablement utiliser le service https://authority.lincsproject.ca/reconcile/any, qui ne filtrera pas sur la base de l'espace de noms de l'entité.
Ajouter le service
Cette page explique comment utiliser le service d'autorité dans OpenRefine. Reportez-vous à la documentation d'OpenRefine pour savoir comment réconcilier de manière plus générale.
Si vous avez besoin de conseils pour préparer vos données pour OpenRefine, consultez nos étapes de conversion clean et reconcile.
Pour ajouter le service à OpenRefine:
- Suivez la documentation d'OpenRefine pour créer un projet et nettoyer vos données.
- Commencez à réconcilier une colonne de vos données.
- Choisissez Add Standard Service... lorsque vous êtes invité à choisir un service.
- Collez le URL pour le service d'autorité de votre choix.
Pour les entités de l'espace de noms LINCS uniquement:
https://authority.lincsproject.ca/reconcile
Pour toutes les entités du LINCS KG:
https://authority.lincsproject.ca/reconcile/any
Filtrer par type
Lorsque vous sélectionnez une colonne et que vous lancez reconciling, OpenRefine vous propose quelques types ou classes d'entités pour filtrer vos résultats. Si vous choisissez de filtrer les résultats par type, vous n'obtiendrez que les candidats qui appartiennent à ce type ou à une sous-classe de ce type dans le système LINCS KG.
Les suggestions d'OpenRefine ne sont basées que sur les premières lignes de vos données, il se peut donc qu'elles ne correspondent pas au bon type. Vous pouvez choisir le vôtre dans la case Reconcilier avec le type. Commencez à taper le nom du type que vous voulez utiliser et vous obtiendrez des suggestions de types à partir du LINCS KG.
L'image ci-dessous montre le filtrage d'une demande de rapprochement par type d'entité :
Si vous ne connaissez pas les ontologies que LINCS utilise, nous vous suggérons de commencer par l'option Reconcilier avec aucun type particulier.
Filtrer par propriété
Vous pouvez utiliser une autre colonne dans vos données et sp écifier que les valeurs de cette colonne sont liées à l'entité qui vous intéresse dans LINCS KG par le property que vous choisissez. Vous pouvez explorer les données LINCS via ResearchSpace ou le LINCS SPARQL Endpoint pour comprendre quelles propriétés sont pertinentes pour vos données. Nous vous conseillons de procéder au rapprochement par lots et de tester différents filtres de propriétés ou de ne pas utiliser de filtres.
L'image ci-dessous montre le filtrage d'une demande de rapprochement à l'aide d'autres colonnes :
Filtrer par graphe nommé
Chaque projet du LINCS KG est stocké dans son propre named graph. Vous pouvez filtrer votre requête de rapprochement pour qu'elle ne renvoie que les entités d'un seul graphe nommé. Cette fonctionnalité est utile si vous savez que vos données proviennent d'un domaine ou d'une période spécifique qui correspond à un ensemble de données particulier dans le LINCS KG.
Tout d'abord, configurez vos données de manière à avoir une colonne contenant le nom du graphique que vous souhaitez rechercher. Vous pouvez avoir le même nom de graphique ou des noms différents dans chaque ligne. Les noms de graphes peuvent être de la forme http://graph.lincsproject.ca/name ou name. Remplacez name par le nom réel du graphe. Voir notre liste de projets pour trouver le nom correct.
Lorsque vous choisissez les paramètres pour réconcilier une colonne d'entités, cliquez sur la case à cocher correspondant à votre colonne de graphe nommée sur le côté droit de la page. Dans la case As Property située à côté, commencez à taper graph. Une option pour named graph qui correspond à http://graph.lincsproject.ca/ apparaîtra. Choisissez cette option.
L'image ci-dessous montre le filtrage d'une demande de réconciliation par le graphe nommé d'un projet particulier :
Prévisualiser les entités
Une fois que vous avez des entités candidates, passez votre souris sur les candidats pour voir un aperçu de l'information que LINCS a sur cette entité.
Vous avez besoin de plus de détails pour confirmer la correspondance ? Cliquez sur l'étiquette de l'entité pour voir l'enregistrement complet de l'entité dans ResearchSpace.
Comprendre le score de correspondance
Chaque entité candidate est affichée avec un score compris entre 0 et 100. Ce score représente le degré de similitude entre le texte de vos données et l'étiquette de l'entité dans le LINCS KG.
Il n'y a pas de seuil pour un score de concordance qui fonctionnerait pour toutes vos données. Le rapprochement est un processus semi-automatisé. Les candidats et les scores de concordance peuvent accélérer le processus, mais une connaissance humaine est nécessaire pour déterminer l'importance de la précision et pour confirmer les concordances.
Pour obtenir les meilleurs résultats, nous vous recommandons de nettoyer vos données avant de procéder au rapprochement. Dans la mesure du possible, nous vous recommandons également d'essayer le rapprochement sur différentes versions des noms que vous avez dans vos données.
Pour utiliser vos données nouvellement rapprochées afin de créer Linked Open Data (LOD), consultez notre Workflow de conversion pour les données structurées.
Demander de l'aide
Si vous rencontrez des problèmes ou si vous avez des suggestions pour le service d'autorité, veuillez signaler les problèmes sur notre GitLab. Si vos problèmes concernent OpenRefine de manière plus générale, veuillez contacter l'équipe OpenRefine.